La Chiesa di San Beneto esistente dal 1013 viene inclusa nella giurisdizione del monastero dei benedettini di San Michele di Brondolo.
Nel 1435 viene promossa al rango di collegiata dal vescovo di Castello.
L'attuale conformazione risale alla riedificazione del 1619 voluta dal Patriarca Giovanni Tiepolo.
La riconsacrazione è avvenuta nel 1695, oggi è parrocchiale e vicariale della chiesa di San Luca, ed è chiusa.